有機棉進入國際市場是需要認證的，國內外從事有機棉標準指定和認證的組織機構很多，國際有機農業運動聯合會(1FOAM，International Federation Of Organic Agriculture Movement)是主要的國際認證機構之一，制定了比較有影響的“有機紡織品標準”。另外比較著名的國際認證機構還有美國的有機貿易協會 (OTA，Organic Trade Association)、英國的土壤協會(Soil Association)、德國的國際天然紡織工業協會(IVN.International Association Natural Industry)、歐洲的國際組織Demeter、瑞典和北歐的KRAV和日本的日本有機棉協會(JOCA，Japan Organic Cotton Association)。瑞士的生態市場協會(IMO，Institute for Marketecology)和荷蘭Skal是知名國際認證機構，IMO可以代表OTA、INV、Demeter等進行認證，IMO也是沃爾瑪有機棉項目在土耳其、印度、中國、巴基斯坦和非洲國家的認證機構。南京國環有機產品認證中心是國內認證機構之一。